Pour ce protocole, le site d’échantillonnage doit présenter un ou deux facies homogènes contigus qui pourront être délimités par des filets de barrage de vides de mailles réduits. Ceux-ci sont déposés simultanément pour éviter l’échappement de poissons présents dans la zone d’étude. L’opérateur doit vérifier la qualité de la pose des filets de barrage, ne laissant pas d’opportunité d’échappement. La roténone est ensuite introduite par un opérateur dans le milieu, quelques mètres en amont du premier filet de barrage, homogénéisée par un second opérateur tandis qu’un troisième opérateur homogénéise dans la station de pêche elle-même et observe la réaction des poissons au produit. Les gymnotiformes qui sont généralement les derniers à réagir au produit indiquent que la quantité de roténone introduite dans le milieu est suffisante. Les opérateurs collectent alors l’ensemble des poissons. Une fois qu’il n’y a plus de poissons visibles, un dernier passage sur la station est réalisé de l'aval vers l'amont pour récupérer les éventuels poissons posés sur le fond du cours d’eau. S’en suit la relève des filets, en débutant par le filet situé le plus en aval, de manière à récupérer les poissons dont la dérive à été bloquée par le filet.