Dans le cadre du CT Eau Littoral Sud Estuaire et Cote de Jade, de nombreuses analyses de la qualité des eaux sont prévus. Un suivi des exutoires à la mer est prévu avec une analyse bactériologique (E. Coli), physicochimique et pesticides. Des analyses de la qualité des eaux sont également prévus afin d'analyser l'impact des travaux sur cours d'eau. Enfin, des analyses sont prévues dans le cadre du suivi de la qualité des eaux du Boivre, suivi de la qualité des eaux dans le périmètre de captage des étangs Gatineaux et Gros Cailloux, et un suivi de la qualité des eaux portuaires afin d'obtenir le label Port Propres.